Yane Sandanskit megölték Melnik közelében egy lesben
Ivan és Milka Sandanski családjában a harmadik (és utolsó) gyermek. A Yane név az apja nevének simogató kicsinyítéséből származik. A Kresna-Razlog felkelés elfojtása után családja Bulgáriába menekült. Rövid ideig Gorna Dzhumaya-ban éltek, majd Dupnitsa-ban telepedtek le. Ott tanult az osztály iskola 2. osztályáig. 1892-ben katonának vették. A Kyustendil-i 13. gyalogezredben szolgált. 1895-ben aktívan bekapcsolódott az IMRO életébe, és 1901 áprilisában megalakította első különítményét, amely közel 15 éves folyamatos forradalmi tevékenységének kezdetét jelentette. 1902-ben, Bansko és Gorna Dzhumaya (Blagoevgrad) felé vezető úton Yane Sandanski, Hristo Chernopeev és Krastyo Assenov elrabolta Ellen Stone protestáns misszionáriust, és ezzel megkezdte Miss Stone ügyét. A kért 14 500 török arany font váltságdíjat az IMRO fegyverzetére fordítják. Az üldözés ellenére 1902. január 18-án a különítménynek váltságdíjat sikerült szereznie Banskóban. Röviddel ezután Miss Stone-t szabadon engedték, és számos tárgyalást tartott Amerikában a macedón ügyről.

Időközben növekszik a feszültség az IMRO, amelyen Sandanski áll, és a Tsoncsev tábornok vezette Legfelsőbb Bizottság között. Yane Sandanski nem hagyta jóvá az IMRO thesszaloniki kongresszusának 1903-ban Macedóniában és Edirne-ben történt felkelésről hozott döntését. Azonban nem állt ellen és csatlakozott az 1903-as Ilinden-Preobrazhensk felkelés előkészületeihez. Az Ilinden veresége után -Preobrazhensk felkelése a Serresi Forradalmi Körzetben vezette az ún a macedón-edirne mozgalomban maradt. Sandanski támogatja egy autonóm Macedónia és egy balkáni föderáció elképzeléseit. Damjan Gruev, az IMRO vezetőjének halála után (aki 1906. december 10-én a törökökkel történt lövöldözésben halt meg) a szervezetben hatalomharc alakult ki, amelyben Sandanski ambícióinak legfőbb akadályát a Borisz Szarafov, Ivan Garvanov és Hristo Matov. Sandanski 1907-ben támogatni kezdte azt az elképzelést, miszerint a macedón kérdést nem a bolgárok nemzeti uniójának kell tekinteni, hanem a nacionalizmus alól felszabadított nemzetközi alapokra kell helyezni.